Se você tiver certeza de que mod_userdir e mod_rewrite estão ativados, você também poderá criar ou editar ~username/public_html/.htaccess com o seguinte conteúdo:
RewriteEngine On
RewriteRule ^(.*)$ http://newurl.domain.com/$1 [R=301,L]
Acredito que você também pode obter o mesmo resultado sem .htaccess, colando este snippet de configuração dentro de um bloco <Directory /home/username/public_html> ... </Directory> , mas adicionando também a diretiva RewriteBase /~username/ .