para começar a resolver o seu problema, experimente o comando netstat
da seguinte forma:
# netstat -anp | egrep '3306.*LISTEN'
tcp 0 0 0.0.0.0:3306 0.0.0.0:* LISTEN 4118/mysqld
#
e / ou tente isto:
mysql --socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
substitua /var/lib/mysql/mysql.sock
pelo caminho apropriado para o seu arquivo mysql.sock
.
também, desde que você disse que tem phpMyAdmin
em execução, por que não procura em config.inc.php
e veja como ele está se conectando ao seu mysqld
.
possivelmente que a ligação de seu mysqld
esteja em uma interface IP específica e não em todos.