O vhost projects.domain2.com deve ser definido antes do vhost com o domínio catch do curinga, do que ele funcionará.
<VirtualHost 11.11.11.11:80>
ServerName domain1.com
ServerAlias *.domain1.com
DocumentRoot "C:/wwwmap/domain1.com"
</VirtualHost>
<VirtualHost 11.11.11.11:80>
ServerName projects.domain2.com
DocumentRoot "C:/wwwmap/projects"
</VirtualHost>
<VirtualHost 11.11.11.11:80>
ServerName domain2.com
ServerAlias *.domain2.com
DocumentRoot "C:/wwwmap/domain2.com"
</VirtualHost>