Se a fiação for menor que CAT5e e as estações de trabalho tiverem NICs GbE, você poderá tentar negociar GbE com o comutador, apenas para falhar devido ao cabo não conseguir suportá-lo, causando assim o flapping da porta.
Você deve forçar o switch a usar o 100baseTX nas portas conectadas a uma execução menor que a Cat5E para evitar isso. Faz sentido que você não possa fazer isso no lado do cliente se estiver fazendo uma nova imagem; isso não é uma limitação da Altiris (que tenho usado constantemente com máquinas que têm a autonegociação desativada), mas uma limitação de definir a velocidade da porta no software (que é redefinida para o padrão, é claro, durante a recriação da imagem).
Você pode fazer isso porque esses detalhes da camada 1 são abstraídos e não influenciam a operação de protocolos de aplicativos, como a inicialização PXE.