Is there a way I can configure the DNS query time out to something like 2 seconds in my own DNS server (so any DNS query that we get quickly pass to the other server if no response was sent from first one)?
Se você quiser que os clientes entrem em contato com o DNS-2 depois que uma consulta ao DNS-1 falhar por N segundos, esse é o comportamento padrão nos clientes.
These 2 LBs would be having over 30,000 concurrent connections, is this too much?! suggest some good configs in this case that helps keeping my boxes solid?
No nível do DNS, isso não é problema. No nível nginx, isso também não será problema se você veicular apenas conteúdo estático.
Finally, as far as you know, since the 2 DNS Server are pointing to 2 different IPs does that effect my website SEO?
não, o SEO opera em nomes de domínio, não em IPs.