Would /etc/nsd/restart [...] solve the problem?
Sim. Como seu script de relatório ConfigServer já está dizendo a você
To prevent this being reported again, restart the process that runs this excecutable file.
Essa também é uma ação recomendável do ponto de vista da segurança: a atualização aplicada provavelmente será relacionada à segurança e o código fixo não terá efeito, a menos que o processo afetado seja reiniciado.
These process are run by my server and are a result of updates, session deletion and other legitimate session handling
Exclusão de sessão e manuseio de sessão (caso contrário, seu servidor será parafusado) não causará impacto no binário nsd - é um nome daemon do servidor .