why are the queries doing "single page reads at all?
Porque as páginas precisam ser lidas no buffer pool pelo menos uma vez antes de serem disponibilizadas para o mecanismo. Olhando para os seus números, as 263.500 leituras seriam responsáveis por
263,500 pages x 16 KB/page = 4,216,000 KB read
que não é igual ao tamanho do seu banco de dados. Além disso, em comparação com seus 3.500.000.000 innodb_buffer_pool_read_requests
, esse é um pequeno número - no seu caso, praticamente tudo é servido no buffer pool sem E / S de disco.