Em resumo: não, o IIS 6 não contém o recurso interno para gerenciar usuários como o IIS7 +. É preciso lembrar que o IIS6 foi lançado bem antes do ASP.NET e especialmente dos provedores de associação se recuperarem nos dias do .NET 1.1 e 2.0.
No entanto: o .NET vem com uma ferramenta configuração baseada na web que você provavelmente pode usar e imagino pode haver algumas ferramentas de código aberto no CodePlex que podem fornecer uma interface ainda melhor para lidar com o Provedor de Associação do ASP.NET.