Se você não quiser montá-lo na raiz do site, poderá montá-lo em uma sub-URL.
WSGIScriptAlias /suburl /path/to/mysite.com/mysite/wsgi.py
Alternativamente, se você quiser montar na raiz do site, mas para as URLs do PHP terem precedência, use o método de configuração AddHandler / mod_rewrite explicado em:
Ou use VirtualHost e ServerName distintos, conforme sugerido em outra resposta.