Parece que você tem links absolutos no seu código. Ao invés de coisas ao redor com reescritas, o que não deveria ser necessário para tal caso, é muito melhor que você torne seus links relativos. É uma prática ruim usar absolutes para links internos, como você descobriu agora, porque ele quebra a portabilidade e cria um pesadelo de manutenção.
Editar:
É melhor verificar problemas no HTML resultante, em vez do código-fonte. Usando o Firefox ou o Chrome (e possivelmente todos os navegadores, exceto o IE), isso é mais fácil com o seguinte "bookmarklet" (crie um marcador para qualquer página e substitua o URL por esse código).
javascript:%20var%20win%20=%20window.open();%20win.document.write('<html><head><title>Generated%20HTML%20of%20%20'%20+%20location.href%20+%20'</title></head><pre>'%20+%20document.documentElement.innerHTML.replace(/&/g,%20'&').replace(/</g,%20'<')%20+%20'</pre></html>');%20win.document.close();%20void%200;