Can I run DAOS on a non Notes mail database? ... The DB is a Notes DB, just a custom app.
Sim. Na verdade, a IBM lançou uma correção para o problema do DAOS travar quando executado em grandes bancos de dados ... está incluído no 8.5.2 FP3 - pode valer a pena conferir.
If some of the data is archived to another database, on the same server, then will the link to the data be preserved?
Não do jeito que você está arquivando, não. "O arquivamento é feito através de um agente, cópia simples para outro banco de dados e, em seguida, excluir."
Se você estiver excluindo, será excluído.
Should I be concerned implementing, without having a chance to run the estimator first?
eu estaria. Mas eu sou estranho assim, querendo testar as coisas antes de colocá-las em produção.