Eu tenho veiculado um site de entusiastas automotivos que obtém de 500 a 1000 exibições de página há cerca de 10 anos.
Durante a maior parte do tempo, tenho executado minhas atualizações via rsync. O núcleo é o Wordpress, mas o conteúdo não-WP é armazenado localmente e rsync'd para o host via rsync da minha máquina local.
O Rsync é bastante legal, pois permite que você exclua arquivos específicos, como o seu php.ini, mysql.cnf e arquivos de configuração específicos do ambiente, a partir da linha de comando.
Por exemplo, meu uso um pouco ofuscado:
rsync -rlptP ~/lcl/* username@webhost:/home/username/www/
Observação: não uso a opção '-a', pois isso inclui o usuário & grupo que são diferentes entre os sites.