A solução óbvia é instalar um firewall compatível com IPv6 (por exemplo, Comodo, ZoneAlarm) no servidor.
Você também pode tentar configurá-lo para permitir o acesso por domínio, e não por intervalos de endereços IP.
Claro que se você tiver o Server 2003, então você não tem absolutamente nenhum negócio executando o IPv6 nessa coisa; a pilha do IPv6 não estava pronta para uso em produção e a MS nunca a atualizou para o XP / 2003.