Parece que você está fazendo algo patologicamente errado com o NFS - como colocar dezenas de milhares de arquivos em um diretório ou algo assim. O NFS funciona bem, mesmo em grandes conjuntos de dados (TB +), portanto, isso pode ser feito.
Você, no entanto, precisa de um sistema de arquivos? Eu geralmente acho que você pode obter melhor desempenho e encapsulamento, expondo um conjunto mais limitado de primitivas ao seu armazenamento de dados e operando usando-as. Em vez de analisar tudo novamente, vou apenas apontar para você uma resposta anterior que escrevi e que tem tudo o detalhe fino.