Eu não acho que haja uma maneira de fazer apenas uma desreferência parcial. Você poderia fazer algo como
tar -cf apps.tar /path/to/app1/bin /and/path/going/to/the-app-2
e depois extraí-los para uma raiz diferente usando -C
-C, --directory=DIR
change to directory DIR
por exemplo,
mkdir tmp
tar -C tmp -xf apps.tar
que teria um efeito semelhante ao modo como você atualmente cria seu arquivo.
Você pode usar o -C para apontar para qualquer diretório existente também.