Ao contrário de você executar as instruções ad-hoc, o aplicativo provavelmente está executando todas elas no contexto de uma transação do usuário, portanto, pode haver muito mais acúmulo de bloqueios nesse caso. A atividade simultânea do usuário no banco de dados pode resultar em bloqueio, o que, por sua vez, pode causar tempos limites se as coisas ficarem muito tempo atrasadas.
Infelizmente, como estamos falando de um aplicativo de terceiros, não sei se há muito o que você pode fazer no lado do SQL Server. Se o aplicativo expuser quaisquer configurações de tempo limite, talvez seja uma boa ideia aumentá-las, talvez substancialmente. Também pode ajudar a executar esses tipos de processos em lote fora dos horários de pico, se possível.