O DBCC CHECKDB não executa uma verificação de banco de dados. Na verdade, é uma coleção de comandos que verifica diferentes aspectos de um banco de dados. Parte relevante do BOL :
Executa DBCC CHECKALLOC no banco de dados. Executa DBCC CHECKTABLE em todas as tabelas e visualizações no banco de dados. Executa DBCC CHECKCATALOG no banco de dados.
Se um banco de dados leva 30 minutos e outro leva > 3 horas é bem provável que seja o comando CHECKTABLE. Esp. se os tamanhos dos bancos de dados forem dramaticamente diferentes.