Em geral, é possível compilar o OpenSSL sem o suporte SSLv2 , mas você pode ter que recompilar a maioria (se não todas) do aplicativo que depende isto. Acredito que os caras do Ubuntu façam algo semelhante . Se você pensar assim, pode ser mais simples apenas corrigir sua aplicação para usar SSLv3 ou TLSv1 .
De acordo com esta postagem do blog , suas outras opções são configurações específicas de aplicativos (se o seu aplicativo oferecer suporte a elas), ou o uso de stunnel .
Além disso, não tenho conhecimento de nenhuma outra opção para desativar versões ou algoritmos SSL específicos.