O problema é que todas as coisas de 'tecnologia assistiva' como at-spi2-registry e at-spi-core não podem ser removidas corretamente, apesar de estarem desabilitadas, sem precisar de uma grande quantidade de programas. A melhor maneira que encontrei é impedir que ele seja executado com:
sudo mv /usr/lib/at-spi2-core/at-spi2-registryd /usr/lib/at-spi2-core/at-spi2-registryd.old
e
sudo mv /usr/lib/at-spi2-core/at-spi-bus-launcher /usr/lib/at-spi2-core/at-spi-bus-launcher.old