Assumindo que você tenha instalado o Apache e o ProFTP dos repositórios oficiais da Debian, faça o seguinte,
$ chmod -R g+w /var/www/www.one.com /var/www/www.two.com
$ chown -R proftpd.www-data /var/www/www.one.com /var/www/www.two.com
O primeiro comando concede permissões de "gravação" ao grupo e o segundo comando altera a propriedade dos docroots para o usuário: "proftpd" e group: "www-data"
Se isto não funcionar, por favor verifique o "Usuário" em /etc/proftpd/proftpd.conf e substitua-o por proftpd