Sim, parece que é possível com base no seguinte.
Existem alguns plug-ins disponíveis que parecem ser projetado para monitorar o MS SQL.
Então, se você está feliz com a criação de plugins personalizados, como sugerido em ajuda do configure-node-munin em seu wiki e ter um nó Munin básico instalado no Windows Server executando o sistema MSSQL.
Devo confessar que ainda não tentei configurar essa configuração, mas estou pensando na possibilidade de fazê-lo, mas se eu descobrir mais tento voltar e atualizar minha resposta.