Sim. Seria uma idéia melhor usar software de imagem inteligente o suficiente para não pegar esses arquivos em primeiro lugar. Existem outros diretórios que são supérfluos semelhantes.
Eu preciso tirar uma foto de uma unidade. Estou trabalhando em um CD inicializável, então tenho a opção de decrescer antes de tirar a imagem. A instalação do Windows na unidade tem tanto hyberfil.sys e pagefile.sys que eu prefiro não incluir na imagem. Se eu excluir esses arquivos da unidade, o Windows recriará esses arquivos, se necessário?
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A instalação do Windows na unidade em questão foi encerrada de forma limpa.