A alteração de configuração feita não é mantida porque o arquivo de metabase do IIS no disco não foi atualizado antes da reinicialização do IIS. A alteração só é mantida no cache de metabase do IIS na memória em primeiro lugar. Uma reinicialização forçada do IIS resultará na perda de sua alteração.
Respondi a minha " problema oposto "pergunta no ServerFault com a solução para esta causa raiz.
Além disso, veja aqui Microsoft KB 286196 que descreve uma solução alternativa.