Parece que há problemas de DNS ou de replicação. Aqui estão algumas coisas para verificar:
Você adicionou o novo controlador de domínio à lista de resolvedores de DNS em todos os seus servidores?
Se não, esta é obviamente a primeira coisa a corrigir. Servidores membros devem ser configurados para consultar todos os servidores DNS da ADI em seu site.
Existem problemas de replicação com seus DCs?
Se você tiver mais de um DC, cada um deve usar um ao outro para o DNS, a fim de evitar ilhas de replicação. Se os seus DCs estiverem configurados para usar a si mesmos primeiro para resolução, então, em uma topologia que muda rapidamente, como você descreve, a replicação pode falhar e todos os tipos de coisas divertidas acontecerão.