A execução de service bind9 restart deve funcionar. Para bind9 no Ubuntu v11.10, o local padrão para named.conf é /etc/bind/named.conf não /etc/named.conf .
Em geral, o script de inicialização ( /etc/init.d/bind9 ) deve apontar para onde o arquivo de configuração reside.
Para bind9 no Ubuntu v11.10, há um arquivo de configurações de bind em /etc/default/bind9 , mas é usado apenas para definir opções de linha de comando ao iniciar named - o que não deveria importar, a menos que alguém editasse esse arquivo para adicionar um argumento para redirecionar onde named.conf reside.
NOTA: Eu não moveria o arquivo de configuração para longe de seu local padrão sem uma boa razão nem eu editaria o que está em /var/named diretamente (isto não é autocrimado).
Outra coisa a verificar é: você tentou service bind9 stop e confirmou que o nome não está mais sendo executado e, em seguida, iniciado (com service bind9 start ) novamente?