Parece que você atualizou seu mysql.
O mysql_upgrade é normalmente executado quando o servidor de banco de dados é atualizado. Ele verifica a consistência da tabela, corrige e atualiza o banco de dados.
As tabelas mais antigas são boas, mas às vezes você precisa executar o comando upgrade. Eu só tive esse problema algumas vezes para uma atualização específica.
Provavelmente você atualizou binários e bibliotecas mysql, o processo mysql ainda não foi reiniciado e estava funcionando como versão antiga, então você reiniciou o processo e ele começou a funcionar como novo, então o upgrade do db era necessário naquele momento .
Provavelmente é assim que funciona o ubuntu mysql. O RHEL / Centos / Fedora atualiza as tabelas no momento da atualização do pacote e recarrega os processos.