Tente trocar a linha. Isso fará com que ele mostre o processo em sua própria janela e espere que ele termine.
WshShell.Run "PSKill.exe " & W3WP.ProcessId, 1, true
Claro que se isso for muito rápido, você pode ter mais sorte ao enviar um arquivo de log
WshShell.Run "PSKill.exe " & W3WP.ProcessId & ">> log.txt"
Parece que deveria funcionar para mim. O VBScript está sendo executado em uma conta de usuário com permissões para matar a tarefa?