Você precisa incluir o seguinte snippet em sua configuração:
<Location /subdir/file.php>
Order allow,deny
allow from all
</Location>
para permitir o acesso de todos a este arquivo único.
Estou atualmente negando acesso a todos os subdiretórios e arquivos usando o seguinte
<Directory /var/www/*>
Allow from None
Order allow,deny
</Directory>
Como eu adicionaria uma exceção para permitir o acesso a um arquivo com o caminho /var/www/subdir/file.php
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