De acordo com a documentação do VMware Server , o Windows Server 2008 R2 não é um sistema operacional suportado. Não é de surpreender que você esteja com problemas de desempenho.
Você não deve usar o VMware Server em nenhum lugar. Foi fim do apoio geral em 30/06/2011. Está morto, deixe morrer. Se você tiver o Windows Server 2008 R2 e precisar executar o Windows no host por algum motivo, considere o uso da função Hyper-V. Se você puder usar um hipervisor bare-metal, recomendo usar o Servidor Hyper-V autônomo do VMware ESXi gratuito.