Ablue, estas são minhas observações:
Query packet 161 - quad A query dc2 - response packet 162 - server failure.
Query packet 251 - quad A query mx1 - response packet 252 - server failure.
Query packet 2102 - quad A query for Storage1 - response packet 2103 - server failure
Gaps:
Successful response from external DNS ends at Jun 1, 2012 08:40:07 with packet 3913
Queries go out to external servers.
DNS caching server does try multiple servers from forwarders,
but does not receive a response from external servers.
Next response from external server received at Jun 1, 2012 08:40:46 with packet 4147
packet 4147 - packet 4453
4504 - 4600 - 4694
4869 - 5004
5210 - 5234
Olhando essas lacunas para fora do seu arquivo pcap, posso ver que seu servidor DNS está saindo para os encaminhadores. No entanto, não está recebendo respostas dos encaminhadores. Você já verificou se tinha problemas de conectividade no seu roteador / gateway de borda ou fora dele? Você parece estar perdendo a linha.
Pelo que os timestamps nos pacotes dizem, é também durante a hora do rush da manhã.