Enquanto você provavelmente poderia remendar algo junto com rsync - eu fiz isso no passado - parece que você provavelmente seria melhor servido com um sistema de controle de versão dedicado, como git ou subversão .
Embora esses produtos sejam principalmente voltados para arquivos baseados em texto, eles também podem ser usados para arquivos binários. Um dos meus empregadores anteriores usou um repositório git para controle de versão de documentos do photoshop.