Você sempre pode usar add_header
para adicionar um, mas mesmo se você analisar os cookies vindo do back-end olhando para a variável http_cookie
, você não poderá modificar eles usando nginx de baunilha.
O que você pode usar, no entanto, é o módulo Lua de terceiros. O link fornecido por Kyle Sith tem uma resposta contendo um pequeno snippet de código manipulando cookies ( link ).