Uma das primeiras coisas a tentar quando qualquer atualização de um produto Microsoft não funciona corretamente é baixá-lo diretamente do site de downloads da Microsoft e testá-lo manualmente. O SQL Server 2008 R2 SP1 é notório por não instalar corretamente usando o painel de controle do Windows Update.
Faça o download do service pack completo adequado à sua arquitetura. Depois de baixado, instale localmente.