Não há "bala mágica" para esse tipo de coisa. Observe a cadeia de desinstalação especificada em HKLM \ Softwrare \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Uninstall e veja se você pode ativar alguns comutadores para torná-lo silencioso. Se for baseado em MSI, você provavelmente poderá fazer um "MSIEXEC / qn / x {guid}" e instalá-lo. (Parece que algumas versões mais antigas eram baseadas em MSI, então você pode ter sorte ...)
Seu pior caso envolve o envio de pressionamentos de tecla para os diálogos do desinstalador para "manipular o programa" para que ele seja desinstalado (e se ele tiver um CAPTCHA ou outro dano cerebral, então, isso é válido).