Mova sua diretiva VirtualDocumentRoot /var/www/%0/htdocs de /etc/apache2/mods-available/vhost_alias.conf e para o bloco <VirtualHost> em /etc/apache2/sites-available/default ; você não quer aplicá-lo a tudo.
Além disso, altere sua definição de vhost em /etc/apache2/sites-available/mysite de:
<VirtualHost *>
para:
<VirtualHost *:80>
.. e certifique-se de ter uma diretiva NameVirtualHost *:80 em algum lugar ( ports.conf ?), para que seu segundo vhost receba solicitações.