Mova sua diretiva VirtualDocumentRoot /var/www/%0/htdocs
de /etc/apache2/mods-available/vhost_alias.conf
e para o bloco <VirtualHost>
em /etc/apache2/sites-available/default
; você não quer aplicá-lo a tudo.
Além disso, altere sua definição de vhost em /etc/apache2/sites-available/mysite
de:
<VirtualHost *>
para:
<VirtualHost *:80>
.. e certifique-se de ter uma diretiva NameVirtualHost *:80
em algum lugar ( ports.conf
?), para que seu segundo vhost receba solicitações.