Você disse que colocou as permissões da pasta de volta para 755
. Isso significa que você precisa ser o proprietário da pasta para poder criar arquivos nela. A razão pela qual o chmod
quebrou quando você alterou as pastas para 664
é porque as pastas precisam do bit de execução. Portanto, você precisa definir as pastas como 775
e garantir que esteja no grupo que as possui.
Além disso, a melhor maneira de resolver isso não é se adicionar ao grupo raiz, mas alterar o grupo de todos os arquivos para um que você esteja. Não é um problema importante, mas é apenas uma boa prática.
(Uma prática ainda melhor seria utilizar as ACLs, mas isso vai além do escopo desta questão)
Por fim, os arquivos que pertencem a '500: 500' provavelmente são porque esse era o proprietário quando foram extraídos do tarball quando foram instalados. Você pode alterar a propriedade para corresponder aos outros arquivos sem problemas.