Tudo o que importa para o apache é que ele pode ler os arquivos.
Desde que o "outro" grupo tenha permissões de leitura nos arquivos e permissões de leitura + execução nos diretórios, o apache poderá servir o conteúdo.
Quanto à diferença entre o FTP-ing de um arquivo e sua criação como root - sim, obviamente há uma diferença, desde que você criou como root .
Não faça isso, então.