Não haveria nada que o impedisse de fazer isso (embora eu nunca tenha feito isso antes), mas aconselho a não usar conexões persistentes no MySQL. Isso apenas daria ao seu servidor mais sobrecarga do que o necessário.
Dê uma olhada no link abaixo do Stack Overflow para mais informações: link
Se você quiser mais desempenho do seu servidor, dê uma olhada no armazenamento em cache HTTP, como Verniz . O verniz terá um impacto muito mais pesado no seu desempenho do que a ativação de conexões persistentes.