Você configurou um caminho gerenciado?
Se você implantar seu novo conjunto de sites em um aplicativo Web com um caminho gerenciado e não houver nada na raiz do aplicativo Web (por exemplo: implantado em http://fqdn/sites/your-site e tentar acessar http://fqdn ), você obterá uma conexão próxima.
Você verificou no IIS se há uma ligação relevante para seu aplicativo da web?