Eu verificaria os logs de eventos quando um IE fosse lançado. Se isso não mostrar nada, tentarei Process Monitor na sessão para ver se outro processo está mantendo o IE aberto.
Recentemente, configurei um novo host de área de trabalho remota 2008 em uma VM do vSphere 4.0. Quando um usuário se conecta ao host, as sessões parecem funcionar bem, exceto para o IE. Quando alguém tenta sair do X, ou rt-click / close na barra de tarefas, a instância do IE fica aberta. Abrindo janelas adicionais não é um problema e estas serão fechadas, parece que a primeira janela que foi aberta não será. Alguém mais viu esse comportamento estranho ou conseguiu me indicar uma solução?
Eu verificaria os logs de eventos quando um IE fosse lançado. Se isso não mostrar nada, tentarei Process Monitor na sessão para ver se outro processo está mantendo o IE aberto.