A maior mudança no protocolo do servidor cliente mysql aconteceu durante a mudança durante a versão 4.1.1. Os clientes anteriores a 4.1.1 não poderão se conectar a servidores mais recentes.
Certamente há alguns problemas com certos pares de drivers . Se você continuar a usar versões antigas sem suporte na série 3.x, suspeito que você tenha problemas e provavelmente terá que realizar testes internos. Não tenho conhecimento e não consigo encontrar ninguém testando isso e publicando seus resultados.