Se isso é algo que você está fazendo frequentemente por algum motivo, então você poderia simplesmente criar para conjuntos de arquivos de configuração e arquivos de banco de dados, então simplesmente torne seu named.conf
um link simbólico para qualquer versão do arquivo que você deseja ativar. Quando você precisar mudar, mude o link simbólico e reinicie.
// named.primary.conf for primary link
...
zone "example.org" {
type master;
file "/etc/bind/master/example.org.primary.dns";
};
// named.backup.conf for primary link
...
zone "example.org" {
type master;
file "/etc/bind/master/example.org.backup.dns";
};