Backup do Windows Server salva as permissões de NTFS de todos os arquivos e pastas por padrão, assim como quase todas as outras ferramentas de backup para Windows.
Se você não tiver certeza, sugiro fazer uma execução de teste restaurando seus dados para um novo local e, em seguida, observe as permissões nos arquivos restaurados.
Se a sua ferramenta de backup não salvar as permissões, talvez você esteja interessado neste artigo da technet sobre . Com icacls
você pode salvar as permissões em um arquivo de texto e depois restaurar as permissões do mesmo arquivo de texto.