Eu recomendaria apenas comprar a nova distribuição FreePBX. Se você estiver usando o FreePBX, é a melhor, a mais estável e melhor suportada. Caso contrário, há tutoriais no link para instalá-lo a partir do código-fonte no debian:
Não deve haver nenhum motivo para você não ter o webmin e o FreePBX rodando ao mesmo tempo, embora eu não esteja familiarizado o suficiente com o webmin para dizer se há algum módulo que interfira com o FPBX. Abaixo está um link para a página de download do FreePBX Distro: