Você pode fazer isso com o pdftk, é uma poderosa ferramenta de linha de comando para gerenciar o pdf:
pdftk source.pdf output destination.pdf user_pw password
Recebi um daqueles terríveis documentos .pdf. Eu preciso salvá-lo como 'protegido por senha', como faço isso no LibreOffice? Há muitas informações sobre como criar um documento pdf protegido por senha, mas não consigo encontrar nada sobre a senha que protege um arquivo .pdf existente.
Você pode fazer isso com o pdftk, é uma poderosa ferramenta de linha de comando para gerenciar o pdf:
pdftk source.pdf output destination.pdf user_pw password
Na linha de comando
qpdf --encrypt test123 test123 40 -- input.pdf doc_with_pass.pdf
Onde test123 é a senha do usuário e do proprietário, o próximo valor é para comprimento de chave de criptografia, que pode ser 40, 128 ou 256.
Para descriptografar o arquivo pdf, você pode usar o seguinte
qpdf --password=test123 --decrypt doc_with_pass.pdf doc_without_pass.pdf