Por que isso funcionaria? O PHP-FPM só pode processar PHP, duh!
No entanto, eu esperava passar scripts Perl para o FPM e passá-los para o perl. Eu encontrei esta página (link abaixo) que respondeu à minha pergunta e esclarece as coisas bem.
Por que passar um script Perl para o FPM, para depois passá-lo para o Perl, quando você pode passá-lo diretamente para o Perl com um wrapper! : D