notamos o mesmo problema. Após cada reinicialização do servidor, os certificados SSL são removidos. O aviso no EventLog aparece em nossas máquinas logo após o início do TrendMicro OfficeScan.
Mas mesmo a desinstalação do antivírus não mudou nada.
O problema persiste após cada reinicialização.
Nossa pesquisa termina com a confirmação de que todas as configurações estão corretas no registro e "applicationHost.config" em "C: \ Windows \ System32 \ inetsrv \ config \".
Mas após a reinicialização, esse arquivo é modificado e a atribuição do certificado é removida.
(talvez alguém possa encontrar a partir daqui razão real.
Nossa conclusão agora era fazer uma solução alternativa.
Com essa instrução, criamos o script do PowerShell para atribuir o certificado novamente.
link
Isto é então definido no início do computador para ser executado automaticamente (no modo elevado!).
Import-Module WebAdministration;set-location IIS:\
cd IIS:\SslBindings
get-item "cert:\LocalMachine\webHosting\*" | new-item 0.0.0.0!443
Dependendo do seu armazenamento de certificados, você precisa adaptar a localização.
Caso você tenha vários certificados, é necessário adicionar um "filtro" para selecionar o correto.
(A amostra acima é para configurar o certificado na porta 443 para todos os IPs "*".)
Espero que isso ajude outras pessoas a correrem nesta questão estúpida.
Nós temos isso em "Win2012 Server" com o IIS8 no ano de 2016 (!) - ainda persistir mesmo problema!