Você não pode ter um script PHP executado pelo tempo de execução PHP4 e pelo tempo de execução PHP5 ao mesmo tempo. Há apenas um intérprete em execução a qualquer momento. Portanto, nenhuma execução de "estas poucas linhas e PHP4" e as "outras por lá no PHP5" e pulando para frente e para trás entre as duas.
No entanto, é possível conectar dois scripts separados. Crie o script normal de saída do PHP e chame qualquer código PHP4 como este:
<?php
// do some PHP5 code here
code_here(...);
// then invoke the script parts for PHP4
passthru("php4-cgi.exe .../script2.php4");
# MAYBE REQUIRES setenv("SCRIPT_FILENAME", ...); ETC. ON WINDOWS
// then do some more PHP5 thingys
...
?>
O interpretador PHP4 herdará o ambiente CGI, permitindo que ele seja executado como se fosse o próprio script principal. Com alguma limpeza desse ambiente (regex filtrar TODAS as variáveis), também não precisa ser uma preocupação de segurança. (Mas você não se preocupou em atualizar o código em primeiro lugar, então.)