Depende do equipamento. Eu estou supondo que você está usando o equipamento da Cisco, a partir de seu tratamento de 1002-1005? Algumas de suas coisas podem eliminar essas vlans da lista de permissões, outras não.
Desde que você não queira o tráfego dessas vlans passando pelo link, certamente não há motivos para permiti-las. A maneira mais rápida de descobrir se seu equipamento está de acordo com você será tentar:
interface x0/x
switchport trunk allowed vlan remove 1
Se ele explode com um erro Bad VLAN allowed list
, você fica preso a eles.