Você vai querer descobrir que outro processo tem os arquivos abertos. Eu não sei como você faria isso programaticamente, mas falando como um administrador de sistema, o utilitário handle.exe da SysInternals (ou sua ferramenta GUI do Process Explorer) pode mostrar isso para você em tempo real.
Então você vai querer:
- Evite a condição que faz com que o arquivo seja bloqueado pelo outro processo,
- Feche a alça se puder fazê-lo com segurança.